自5月19日全台三級警戒至今，6月23日指揮中心再宣布第三次三級警戒延長至7月12日。指揮中心表示，雖目前疫情已有趨緩、得到控制，但借鑑於世界各國因解封太快致疫情再起的經驗，及「跨區傳播事件仍然存在」，盼全民共體時艱。防疫是全民的責任，防疫政策端看執政者的作為，然而接近解封之日再為全台疫情投下未爆彈的，也正是台灣首都市長對防疫幾近一意孤行的無所作為。

繼好心肝診所為上千名非一至三類人員施打疫苗，北市近期再爆士林某長照護理機構47人確診、3名死亡，台北農產運銷公司65人確診、台北表演藝術中心工地40人確診，及最新環南市場25人確診，簡直成為全台疫情風暴中心；但更可怕的是，上述群聚確診事件自首例爆發已有一段時間，卻直到近期才陸續被北市議員挖掘曝光，市府和機構互相指控，究竟是誰在隱匿？又還有多少隱藏黑數？

事態嚴重至此，柯文哲仍在繼續甩鍋，先稱北農確診者中，「幾乎一半以上來自新北與基隆，台北占不到一半」，更堅稱因民生需求不能休市，「北農總經理是中央派的」；23日再度大甩鍋，指北農組成分子來自全台，確診者不一定是在北農被感染，所以不要講「北農群聚感染」。不疫調、不匡列，輕忽市場防疫的重要性，幾近偏執的決策讓疫情越滾越大，柯文哲卻仍避重就輕不談自己的防疫缺失。堅持因民生需求不能休市的北農，彷彿讓民眾有苗栗電子廠群聚的既視感，因上位者的一意孤行，又會讓多少人身陷染疫的風險與恐懼之中？

6月初，指揮中心就指出雙北地區確診足跡有83%都在果菜市場及大賣場，新北市長侯友宜立即完成三重及板橋地區市場篩檢，柯文哲卻直到事情爆發了才姍姍來遲；北農果菜市場多由中南部南貨北送，外界呼籲讓處理部桃、苗栗電子廠群聚有好戰績的指揮中心醫療應變組副組長王必勝進駐成立指揮所，柯文哲卻仍自信稱自己是專業，「我的方法還是最快」，事實已重重打臉。

面對中央、外界的援助與建議一律拒於門外，柯文哲雖擁有醫療專業背景，與身為台灣首都擁有的醫療量能應優於許多地區，卻造成連爆多起群聚染疫顯然不言而喻，面對瞬息萬變的疫情，剛愎自用絕不是好的防疫作為，執政者應以人民為重，不要讓政治考量凌駕了一切。