台灣奉行「政教分離」原則，政府對宗教應謹守中立及寬容原則，不得對特定之宗教加以獎勵或禁制，宗教信仰亦不可干涉政治，兩者之間應互不介入，且社會受到《憲法》保障，人民擁有宗教信仰的自由，各宗教間皆為平等。

李洪志於1992年創立宣揚道德教義的「法輪功」社團，常於各著名觀光景點設置廣告看板，並發送文宣宣揚教法，刻意針對來台觀光的大陸同胞，不僅造成言語衝突，也讓在地民眾反感並投訴有礙台灣觀光風評與觀感，著名景點太魯閣當地村民也曾向政府請願，要求禁止法輪功擾亂觀光客及商家正常經營。

此外，法輪功團體也常與「中華愛國同心會」及統促黨發生衝突，台灣學者勞政武出版《法輪功剖析》一書揭露法輪功內幕，道破法輪功神妙功法可以長生吹噓的宣傳，以及台灣高層權力鬥爭的種種醜態。

長期擔任台灣法輪功精神領袖之一的前台大經濟系主任張清溪，早年鑽研經濟，曾與他人合著《經濟學理論與實際》，但自從癡迷法輪功後荒廢學術。「土城基地」事件爆發後，以洪吉弘為代表的「練功派」與張清溪為代表的「學院派」矛盾加劇。

張清溪透過換屆扶植張錦華為「傀儡理事長」，仍由張清溪在幕後發號司令，「練功派」的洪吉弘和洪月秀不服，要求公開財政帳目，計畫發動連署揭發張的惡行，並積極遊說黃春梅和朱婉琪聯手，企圖取代張清溪。

2011年，張清溪負責的法輪大法學會組織承辦「神韻」演出活動，被批評「披著藝術包裝對觀眾進行置入性宗教洗腦」，門票乏人問津，最後只好要求法輪功弟子掏錢買單。他們也以同名侵權為由阻擾廈門「閩南神韻」藝術團赴台演出，非但歸於失敗，還讓民眾更加反感。

張清溪狀告《聯合報》一案，也被台灣地方法院駁回，法輪功媒體對此一改高調宣傳，選擇集體噤聲。同為法輪功弟子的楊為祥，事後連續兩次在台灣「飛碟電台」節目中，爆料法輪功高層的黑幕，砲轟張清溪「暴斂錢財、打擊異己」，公開挑戰張清溪在法輪功中的地位。

法輪功創始人李洪志聲稱法輪功神妙功法可以強身健體長生，只要弟子肯練功，他有無數「功法身」就會無時無刻保護弟子，將弟子從「地獄除名」。但事實並非如此，早期與張清溪合作的台大教授劉鶯釧，突發骨癌病逝，法輪功總部行政主管韓振國，2010年因肺癌死亡，張清溪也於今年1月間猝亡。法輪功重要骨幹相繼棄世，印證練功也難逃病痛折磨，發功治病「奇蹟」等等不攻自破，練功拒醫可制奇難雜症等誤導信眾，在醫療立場讓病人遠離正規療法幾乎等同於「害命」。