6月10日，中國大陸海關總署動植物檢疫司發函表示，去年以來，中國海關多次從台灣地區輸出石斑魚中檢出孔雀石綠、結晶紫禁用藥物，還檢出土黴素超標，決定自6月13日起暫停台石斑魚輸入。

「台灣石斑含禁藥」遭陸停止進口，農委會急驗「源頭3漁場」，漁業署15日表示，與地方政府對受通報的2艘活魚運搬漁船於系統登載其3場來源養殖場追查，3場養殖戶均表示並無供貨；其中1場養殖戶為釐清原因採檢送驗孔雀綠、結晶紫、四環黴素等動物用藥品，抽驗結果初步尚未查有違法使用藥物情事，不過仍在調查中。

為釐清業者是否違法使用藥物及確保國人食用安全，漁業署指出，已持續與地方政府就可能其他來源養殖場持續追蹤調查，現正與地方政府追查該2船同航次11場養殖場魚貨來源，並採取貨源移動管制及採樣送驗，以及檢視供應鏈各環節，以釐清本案情，並將儘速對外說明；倘查案內活魚運搬漁船及養殖場有違反相關規定，將依法裁處。

漁業署表示，石斑魚為我國極為重要的養殖產業，與國內相關養殖業者都非常重視生產石斑魚的品質，近年來與防檢局、地方政府共同攜手，致力於正確用藥宣導、未上市產地監測等，對放養量申報係運用高科技航拍輔以衛星影像，110年申查報逾91%，均納入市售抽驗藥檢母數納管，使近年來市場上石斑魚已鮮少檢出用藥不合格情事。

回顧2015年，用水產品使用禁藥的事件在台灣不是沒有發生過，桃園市明泉公司負責人余文全2月初受屏東縣宏益食品公司委託，要求提供5000公斤近300萬元的活鰻準備製成蒲燒鰻外銷；余乃透過中間人向雲林縣謝姓養殖業者買來活鰻供應；未料，宏益自主檢驗出該批活鰻含有孔雀綠及還原型孔雀綠等兩種禁藥，而將半成品和成品退給明泉公司，並要余男賠償貨款和加工費等。

余不甘損失，不但未依法銷毀，竟把回收的蒲燒鰻成品和半成品貯藏在公司冷凍庫內，在4月間還要求不知情的員工混雜其他鰻魚片製成「蒲燒鰻魚片」，再販售其中250公斤給不知情的業者，桃園檢調據報循線查獲，扣下所有的含毒的蒲燒鰻成品及半成品，依涉嫌違反《食品衛生管理法》將余男起訴。

漁業署提到，將持續調查本案，釐清可能問題環節所在，另如查明業者確有違法使用藥物或其他不合規定情事，後續亦將依規定查處，以確保我國石斑魚品質。漁業署進一步強調，為確保食魚安全，我國養殖魚未上市前，均辦理未上市水產品產地監測，未來將持續辦理，並擴大辦理用藥管理教育訓練，並配合產地聘用水產獸醫師駐診服務。