新任閣揆陳建仁閣員多數皆是留任，其中農委會主委陳吉仲被視為最「不可思議」，民眾黨不分區立委陳琬惠直批，包括「1450事件」、「開放萊豬」、「班班吃石斑跳票」、「農產品出口成問題」，陳吉仲只能不斷使用補貼來掩蓋施政不力，昔日的「小英男孩」已成了「難刪的部長」。

陳吉仲在去年九合一大選民進黨慘敗後，曾多次透露只要借調期滿就會回大學教書，回老家養豬，內閣改組名單出爐前，各界也猜測陳將下台走人，不過最後陳卻仍獲得留任，簡直跌破專家眼鏡。據瞭解，關鍵在於陳吉仲慣用補助政策，鳳梨事件如此，蛋量短缺如此，他的解決方法始終只有一招「專款補助」，下任主委若無法延續，恐會招致批評，導致主委一職乏人問津。

雖然陳吉仲強調誰接任都不重要，能延續好的農業政策才是重點，但改組前，農委會搶著補刀，認定新任桃園市長張善政此前宏碁受委託的研究計畫案違反契約規範，將追回相關經費；加上陳借調時間與蔡總統8年任期同步，之前期滿回學校的說法並不成立，種種動作都被視為在積極爭取留任。

產品拓銷海外多年的南部知名果農指出，現在農業政策完全都是政治考量，當整個農業變成補助的「福利事業」時，就是用政策弱化農民。若要為台灣農業止血，就是陳吉仲趕緊下台，才是最刻不容緩的農業政策。

有知情人士直言，農委會主委難做沒錯，但要接陳吉仲的人更難做，接任的人必然無法如他一樣沒有底限發補助、無法隨便大放厥詞；農業政策國之根本相當艱深，專業含金量高，但陳吉仲卻僅靠「發補助」一招來解決所有難題，孰不知任內8年下來，已完全毀壞了台灣農業根基。

陳琬惠說，瞭解陳建仁的內閣想要維持現狀、走安全牌路線，但所呈現的非是穩定，而是任由爭議首長留任充分呈現民進黨政府的檢討只是嘴巴說說，更別期待創新和改革。